【内容提要】本文选取长三角城市经济协调会这一地方政府主导的区域间市场整合干预事件，利用不同城市、不同企业间专利共同研发的数据，探讨长三角城市经济协调会如何影响企业在被整合城市间对合作创新伙伴选择行为的总体偏好特征与创新绩效。研究发现，同在长三角城市经济协调会中的城市合作效果提升显著，而仅有一方是协调会成员的城市间合作效果则显著下降，市场整合的创造效应和分流（转移）效应显著。本文为市场整合对微观经济主体创新合作行为的影响提供了证据，为创新水平存在空间差异提供了供给侧解释。