【内容提要】本文针对中国创新投入快速增长而全要素生产率增速下降的现象，在异质性企业垄断竞争分析框架下引入要素市场扭曲与企业创新决策，刻画转型期中国全要素生产率决定的微观机理，发现要素市场扭曲通过影响企业创新、生产、进入与退出市场的决策，抵消了企业创新的要素重置效应，从而降低了加总全要素生产率。经验分析发现，企业创新使得生产要素从非创新企业流向创新企业；而要素市场扭曲导致企业间的要素错配，扭曲企业创新与退出市场的决策，要素错配效应大于企业创新的要素重置效应。中国制造业生产率的增长主要由企业生产率提高推动，企业间要素重置的贡献较小，创新企业与非创新企业之间的要素重置并没有带来行业加总生产率的提高。